Pendant la soixantaine d'années qui séparent la reddition des Nez-Percé de la création de l'APHC, la génétique appaloosa des chevaux indiens s'est trouvée diluée par les croisements que les colons ont jugé utile pour obtenir les chevaux dont ils avaient besoin : des chevaux de ranch, des « coursiers », des chevaux de charge…
Vers la fin des années 30, Claude Thomson et quelques autres ont voulu redonner de l'essor à la « race » appaloosa et retrouver certaines des caractéristiques des appaloosas des indiens du 19e siècle.
Alors que la création du registre date de 1938, seuls 262 chevaux étaient inscrits en 1954. L'essor a été rapide, et en 1971, on comptait déjà 150000 chevaux.
Afin de constituer un socle large sur lequel constituer la race, l'APHC a dans un premier temps inscrit tous les chevaux de type appaloosa en étant très ouverts sur le standard des chevaux inscriptibles et en acceptant la plupart des croisements (hors trait et poney)
La liste des croisements autorisés a rapidement été réduite, et en 1972 seuls étaient autorisés les croisements avec des chevaux enregistrés à l'APHCC (Canada), le Jockey Club (Pur-sang),l'AQHA (Quarter),l'AHCR(Arabe), le MHC(Morgan),l'USTA (trotteurs) et l'ASHBA (chevaux de selle).
Plus tard, les seuls croisement autorisés ont été l'arabe, le quarter et le pur-sang.
Comme en atteste Faye Thomson, la fille du fondateur de la race, le projet était à terme de fermer les livres d'enregistrement et d'obtenir une véritable race appaloosa, c'est à dire des chevaux inscrits, issus du socle de base, répondant à un standard défini, qui se reproduisent en transmettant génération après génération leurs caractéristiques. ( Ce qui se pratique dans toutes les races animales)
Le marché de l'appaloosa en a décidé autrement, et l'industrie du Quarter-horse et des courses de chevaux a investi les bureaux de l'APHC, établissant leurs règles qui restent la position majoritaire aujourd'hui. (dont la CPO, qui permet aux chevaux solid-color de concourir en show ou en course)
Mais dès les années 1990, un groupe d'éleveurs dont le programme était resté la création d'une race appaloosa construite sur ses fondations, s'est inquiété des conséquences de ces croisements sans limites.
Parmi eux, Milton Decker, Lhane Rhodes, John Kreider et Jess Helsel ont tenté de faire pression sur le bureau de l'APHC pour que soit créée une reconnaissance particulière pour les chevaux tendant vers la race pure, c'est à dire issus majoritairement des fondateurs. Bien sur leur proposition a été rejetée, et tout ce qu'ils ont obtenu, c'est la création en 1994 de l'option FPD (Foundation Pedigree Designation), qui reconnaissait la mention FPD (sur demande) à tous les chevaux dont 50% du pedigree étaient des chevaux inscrits à l'APHC. (Quelques soient les croisements dont ils étaient issus).
Un décompte inquiétant a été réalisé en 1994. Sur les 476477 chevaux dont le pedigree a été étudié, seuls 39 étaient issus en 4e génération de croisements Appaloosa X appaloosa. Ce constat alarmant mettait en évidence la disparition engagée de l'appaloosa au profit de chevaux issus d'autres races mais porteurs (parfois) des caractéristiques de robe.
L'autre constat était la chute régulière des enregistrements de chevaux à l'APHC.
De cette volonté de préserver la race, ses origines et ses caractéristiques est né en 1997 un registre indépendant, le Foundation Appaloosa Horse Registration (FAHR) . Toutefois, les chevaux inscrits au FAHR doivent au préalable être inscrits à l'APHC.
Lorsqu'en 2001, l'APHC a projeté de créer des classes FPD dans ses shows officiels, une centaine d'éleveurs d'appaloosas « fondation », organisés sous le nom de FAB (Foundation Appaloosa Breeders), a travaillé près d'un an pour établir et soumettre un statut pour l'appaloosa de race pure. Cette proposition, connue sous le nom de « Pure Bred Proposal » incluait une définition du pur-sang appaloosa, un standard de race, de nouveaux critères pour l'attribution de la mention FPD, des critères de jugement pour les concours, etc…
Cette nouvelle proposition a encore été rejetée et n'a eu comme résultat que la reconnaissance des F- (fondateurs) et l'augmentation de 50 à 73% de chevaux inscrits à l'APHC dans le pedigree, pour les calculs d'attribution de la mention FPD. Toujours quelques soient les croisements dont le cheval est issu. La mention FPD peut ainsi être attribuée à un cheval dont plus de 80% du pedigree est issu de QH ou de PS.
(Jusqu'en 2006, l'inscription d'un cheval au programme FPD était attestée sur son certificat d'enregistrement par un sticker à l'image de Chef Joseph, qui précisait son pourcentage FPD. Depuis 2006, le pourcentage FPD figure près de la date de naissance du poulain.)
Envers et contre tout, un nombre croissant d'éleveurs axent leurs programmes sur l'obtention d'un cheval de pure race appaloosa. Les scientifiques consultés considèrent qu'un produit de 8e génération issu de chevaux (mais la règle est la même pour les autres animaux) correspondant à un standard défini est en mesure de reproduire les caractéristiques dont il a hérité et peut être considéré comme pur-race. En 2009 naîtront les premiers appaloosas de 6e génération issus à plus de 75% des fondateurs. Il reste un bout de chemin à parcourir…